Setara Institute menggunakan empat varibel untuk mengukur tingkat toleransi yang meliputi regulasi pemerintah kota, tindakan pemerintah, regulasi sosial, dan demografi agama.
Berdasarkan hasil survei menunjukkan bahwa Kota Cilegon menjadi kota paling tidak toleransi di Indonesia. Jika sebelumnya dipegang oleh Kota Depok, namun saat ini berpindah tangan ke Kota Cilegon dengan skor 3,22.
Kota Cilegon selalu masuk deretan peringkat anjlok dalam riset Indeks Kota Toleran yang diterbitkan oleh Setara Institute selama lima kali: nomor 15 dari bawah pada 2015, nomor empat dari bawah pada 2017 dan 2018, nomor delapan dari bawah pada 2020, dan nomor tiga dari bawah pada 2021 lalu.
Setelahnya baru diduduki oleh Kota Depok dengan skor 3,61. Skornya meningkat 0,04 dari sebelumnya sehingga posisinya juga turun menjadi peringkat kedua.
Di peringkat ketiga sebagai kota paling intoleran adalah Kota Padang, dengan skor mencapai 4,06. Kemudian Kota Sabang (4,25), Kota Mataram (4,38), Banda Aceh (4,39), Kota Medan (4,42), dan Pariaman (4,45).
